HSYLC引进原汁原味的哈佛“新生超小型课堂 (Freshman Seminar)”授课形式。在这里，中国高中生们将在哈佛授课老师的带领下，亲身体验一种与传统课堂截然不同的学习方式：平均人数在12人以下的超小课堂，却配有一名哈佛授课人和一名中国顶尖大学的助教授课；没有了遵循课本按部就班的讲授，每个学生却必须在课前阅读大量英文原版材料，带着原创观点和问题加入课堂讨论；没有了讲台上下的距离，取而代之的是授课人和学生圆桌讨论中热烈的思维碰撞。正是这样的课堂，让许多峰会的学生第一次体会了想用英语表达的冲动与喜悦，在训练了与会高中生的英语语言表达能力的同时，也同时鼓励他们独立思考，挑战权威知识的习惯，在过去的几年里，此项目成为高中生最喜爱的峰会项目之一。高中生们即使在峰会结束后，都与他们的授课老师保持密切的联系。
在课程选择上，峰会的学生将运用网上选课系统参与选课过程。几十名来自哈佛的授课人，将开设出妙趣横生、涉猎广泛的课题，共分成四大核心课程类目：“经济与发展”、“科学与技术”、“人文艺术”、“历史与社会学科”。每个学生将从四个类目下的几十门课程中自主选课。（每个类目都提供近十门的选课对象）
历届峰会丰富多彩的课题包括：“博弈论”、“人脑与电脑”、“社会心理学”、“巧克力的历史与人文含义”、“如何成为篮球经理”、“全球化”……哈佛授课人从历史、经济、文学、人类学等各个学术角度出发，努力向学生呈现一种兼容并包的学术理念。在拓宽视野的同时，HSYLC的学生更将培养一种全新的思维方法和学习习惯，其中合作调研、批判性思考、辩论反馈都是重要的课堂形式。
值得一提的是，除了这些课堂小课教学外，许多非核心课程课堂教学类目的课程将以课外活动的形式贯穿于峰会，例如曾经开设过的基础第二外语（西班牙语，法语等），飞盘、垒球入门，爵士舞等。